之后，播州杨氏自然是要被铲除的，但是对于贵州的其他土司，是否也要进行改土归流，朝廷的意见并不统一。

大部分的朝臣认为仅仅将杨氏的播州予以改土归流就行了，不必大动干戈，毕竟朝廷剿除了杨应龙之后，就要恢复贵州的秩序，要是在这个时候大规模推行改土归流，再度激起土司的反抗的话，对于朝廷来说战事迁延，所需要的钱粮开支太大了。

还有一部分的官员们认为，川、黔、滇三省相邻，这里也是土司聚集的地方，对于朝廷来说，现在主要的应对办法就是以夷制夷，用土司对付土司，如果大规模实行改土归流的话，可能会激起土司大规模的反抗，这对于朝廷在西南的统治是不利的。

兵部尚书汪道昆都上疏称：“滇与蜀、黔壤地相错,故三省之贼纠结披猖，不讨蜀、黔之贼,则滇不得安，滇不得安，则缅亦不得安，故不可轻动，只剿杨贼，安抚水西、水东，徐徐图之。”

这个问题确实是朱载坖要考虑的问题，现在朝廷在西南的兵力还不够充足，而且这些土司之间，互相勾连很深，朝廷要是盲目推行改土归流的话，可能激起更大规模的土司反抗，尤其是水西安氏和四川的永宁土司，他们之间的勾连就非常之深，一旦闹起事来的话，就是川、滇、黔三省不安宁了，朝廷现在还要安定缅甸，不能再使得西南出现动乱了。

张居正也上疏认为，处理这些土司，不能一蹴而就，要徐徐图之，改土归流也不是一时一地就可以立即办成的，对于这些土司，要根据这些土司的实际情况再予以区处，朝廷不可能长期在贵州保持重兵，所以不能够再大动干戈。

内阁提出了一整套的解决办法，对于贵州的土司，要分门别类的予以处理，直接反叛的杨氏，肯定是要予以彻底剿除，但是对于贵州的其他土司，则要区分情况予以处置，内阁建议，对于水西土司要予以惩罚，因为他们在播州之乱中首鼠两端，肯定是要削弱他们的力量，但是对于石柱土司，要予以奖励，以表彰他们协助朝廷的平定叛乱的功绩。

内阁的意见就是在尽可能的稳定的情况下，推动改土归流的进展，朝廷不能仅仅依靠武力来推动改土归流，还要通过文教等一系列手段以保证朝廷在西南的统治稳定和改土归流的顺利推行。

内阁认为，推动改土归流不一定要采取军事手段，可以效仿两汉对于诸侯王的处理办法，徐徐图之，张居正在奏疏中称：“授之官以鼓向上之心，分其土以散连衡之势，近年土官孙盛，间有叛逆之心，今欲仿古制分封子弟，使其削弱。”

也就是