当然，对于大明来说，还有一件大事，就是福建行都司的移镇，为了加强朝廷对于夷洲的开发，朱载坖命令将夷洲改为台湾府同时将原本的福建行都司移镇台湾府，加强台湾的兵防，福建行都司辖建宁左卫、建宁右卫、建阳卫、延平卫、邵武卫、汀州卫、将乐千户所，朱载坖命令兵部计划，应该移镇那些卫所到台湾府去。