杨应龙亲率五万主力，试图夺回娄山关的行动被马孔英所挫败，只得狼狈逃回海龙囤，杨应龙这个时候再次向赵锦、沐昌祚等人请求投降，表示他愿意归顺大明，但是被赵锦等人予以严词拒绝，朱载坖是有严旨的，就是要剿灭杨应龙，同时对于整个西南的土司予以整肃，以加强朝廷对西南的控制力。

所以对于杨应龙的请降，赵锦和沐昌祚都没有理睬，而是督促官军加快进剿，将迅速夺取海龙囤，以结束朝廷在贵州的战事。在这种情况下，沐昌祚传檄诸军，加快进度，会师海龙囤。

现在杨应龙逃奔养马城，同时在此聚集残兵，准备负隅顽抗，养马城属海龙屯外围军事设施，建筑规模较大，有城门六座，城墙高达三丈，易守难攻，杨应龙准备据守养马城，以对抗朝廷，杨应龙的想法很简单，就是通过养马城、海龙囤等一系列坚固的工事，迟滞官军的进攻，使得官军付出不可承受的伤亡代价，这样的话官军最终还是会接受他的请降，大不了损失一些领土人口罢了，杨应龙还是能够继续在播州当土皇帝的。

但是官军肯定不是这么想的，朱载坖严旨再三，对于杨应龙是必要剿灭的，这点沐昌祚是很清楚的，所以沐昌祚率军和刘綎汇合之后，率兵准备攻取养马城。

刘綎这些日子也没有闲着，他麾下的八千人中，有五百是装备了线膛燧发火铳的善射之士，刘綎就利用他们手中的火铳优势，对于海龙囤和养马城的苗兵予以射杀，主要是射杀从海龙囤和养马城出来砍伐木柴的苗兵，将他们封锁在城内，以防止这些人出城，先截断他们的消息来源，等待官军大军抵达。

同时在刘綎的指挥下，官军甚至依靠着射程优势，于清晨、黄昏派遣善射之士射杀城头的守军，制造恐慌，也利用官军携带了各种火炮对于海龙囤的城墙进行了打击，不过海龙囤和养马城的城墙确实是非常坚固，官军携带的佛郎机和小口径火炮是很难对这些城墙构成破坏的。

等到沐昌祚、张元勋率领大军抵达海龙囤与流言会师，官军现在在海龙囤城下已经有近十万人，沐昌祚召集众将，商量此事，现在对于官军来说，最重要的就是攻破海龙囤，剿除杨应龙，沐昌祚向众将询问破城的办法，大家都看向刘綎，因为他已经在海龙囤多时了，对于附近相关情况也应该是很了解了。

对于海龙囤的情况，刘綎也确实摸得很清楚了，杨应龙久蓄异志，自然是早有准备，他在龙崖屯基础上扩建城堡、宫室，筑前后12关，在方圆十多里范围内的山上围筑坚壁巨垒。建筑物均以千斤巨石砌筑，城门嵌刻关