对于土司，要采取不同的处理办法，对于作乱的播州，自然是要毫不留情的予以打击，坚决实施改土归流，以变夷俗，同时大置卫所，添设兵备，以期实现俟二三年间，田均食足，兵治民安，政教修举，远近怀柔的局面。

而对于贵州的其他土司，则要根据他们的势力强大与否，对朝廷的态度，和在这次剿除杨应龙中的表现，作为朝廷处置的依据。

除此之外，朝廷要做的就是加强在贵州的实力，只要朝廷的实力强大了，这些土司才会心甘情愿的归附于朝廷，不敢作乱，从而为朝廷推动改土归流创造条件。

兵部具折上疏称：“边鄙虽安，不可忘战。制夷之法，必先内固。有兵无城，则防御不固；建城不广，则授应无资。黔中地瘠无粮，不难于无险可据，而难于鲜戍守之卒。然事屯筑，据肥饶，而又以威信抚御，诚治荒服之要策也。”

朝廷要在贵州大修城堡，以控制贵州，同时官军控制交通要道，将这些土司割裂开来，使得他们互相不能呼应，即便是作乱，也很难做大，经过练兵军务处、五军都督府和兵部的会商之后，认为在平播之后，建城36座，改建城楼1座，展拓城楼2座，完固城楼3座；新建石堡4座，以达到“分之则棋布星罗，成犄角之势；合之则声势相倚，为指臂之用。或扼要建城，以通卫路往来；又或距险多建城垣，以制贼苗出没。”

同时，为了实施分土世官政策，还要将将众夷目纳入贵州布政司的直管范围内，加强朝廷对于他们的控制，同时广布卫所，在贵州都司下增设卫所，加强朝廷对于贵州的控制，从三岔起至乌江，在鸭池、敷勇各设一卫，在铁王旗、息烽各设一直隶守御千户所。在敷勇卫内设六广、虎场、九庄、乌粟四千户所隶之，另设扎佐、小索桥、凹绞三哨以隶之。

鸭池卫内设大索桥、簸箕陇、乾沟、乐平四所隶之，另设七百房、安家桥、麦城三哨以隶之。铁王旗直隶守御千户所内设山京、下窝、化处、蒋义、架底五哨隶之。息烽直隶守御千户所内设乌江、明家渡、落邦、开科四哨以隶之。总的说来，新设的卫所不仅包括播州，还有很多水西土司的地盘，从三岔起至乌江，沿六广河岸共设2个卫指挥使司、2个直隶千户所、8个卫属千户所、15个哨。

同时修复驿站，加强毕节、赤水两卫，通过大建卫所哨，以期达到联滇蜀、驭夷、通商的三重目的，保障贵州的长治久安。

朱载坖批准了相关的奏疏，同时向平播大军再次下达上谕，第一，严明军纪，朝廷只剿杨应龙，附逆者只要能够归顺大明，