自罗马城破、教皇尼古拉五世被俘后，朱昭熙将对武洲作战总司令部迁至这座已经被联邦军的战火摧残的古都。

指挥部设在罗马斗兽场西北侧的临时中军大帐，残破的石柱与焦黑的城墙成为日常办公的背景。朱昭熙与朱瞻壑在此坐镇，围绕“彻底肃清南欧与东欧”的核心目标，将指令以信鸽与快马传向各条战线。

对意大利各城邦的清剿行动以朱昭熙定下的“分区摧毁”为策略。威尼斯共和国、米兰公国、佛罗伦萨共和国及那不勒斯王国，在联邦军的军事打击与“以土着制土着”的战术下迅速瓦解。

联邦海军封锁亚得里亚海，切断威尼斯共和国的贸易航线。陆军配合煦洲雇佣军从陆地推进，重点摧毁造船厂与商业据点。城内男性居民被驱赶到泻湖沿岸处决，女性按年龄筛选后，适龄者被集中到港口，分别运往虞国、越国等大明联邦六大国，充为明人繁衍生息。

联邦军以火炮轰开米兰的城墙，煦洲雇佣军入城后实施无差别清剿。米兰大教堂的彩绘玻璃被炮火击碎，图书馆古籍付之一炬。公国境内的灌溉系统与农田被彻底破坏，防止残余的抵抗势力利用。

对于佛罗伦萨共和国，采取“焦土政策”。联邦军在入城前以臼炮覆盖城区，随后放任煦洲雇佣军劫掠。美第奇家族的宫殿被洗劫一空，文艺复兴时期的艺术品或被摧毁、或被装箱运往虞国。

那不勒斯王国同样如此，海军主力在前期海战中被歼灭，陆地防御不堪一击。联邦军登陆后，将那不勒斯湾周边的村镇全部焚毁，居民中的男性青壮就地处决，老弱妇孺则被驱赶到港口，部分运往煦洲充当奴隶，其余在混乱中死于饥饿与疾病。

在这场清剿行动中，煦洲雇佣军成为执行屠杀与破坏的主力。联邦军为其提供武器与食盐作为诱饵，默许其在占领区掠夺物资，毕竟在朱昭熙的眼里，这些物资都只是暂时放在那些雇佣军的手上罢了。

这些尚未完全脱离部落社会的雇佣军，对同类相食的行为并无心理障碍——联邦军将处决的武洲土着尸体集中处理后，作为军粮分发给雇佣军充作军粮，有了充足的粮草供应，使这些土着作战愈发狂热。

这种“以蛮制蛮”的策略显着降低了联邦军的伤亡，但也造成南欧地区生态与社会结构的彻底崩溃。从亚平宁半岛到巴尔干半岛南端，昔日繁华的城镇化为废墟，农田荒芜，除了联邦军的军事据点与被联邦军保留下来的适龄女性，南欧大陆上的武洲土着几乎绝迹。

随着南欧清剿进入尾声，联邦军面临兵力分配的现实压力，北方